خاتمی هم بحران آفرینان را مسئول شهادت استاد علی محمدی نامید.

سید محمد خاتمی در پیامی که به همسر شهید علی محمدی فرستادند؛ با ایما و اشاره مسئول این جنایات را جناح تمامیت خواه بحران طلب حاکم معرفی نمود:

سركار محترم خانم منصوره كرمی
شهادت جانگداز عالم وارسته و اندیشمند متعهد و متبحر و خدمتگزار ارزنده عرصه علم و ایمان و فرزند فرزانه ملت بزرگوار حضرت آقای دكتر مسعود علی محمدی؛جان همه دوستداران دانش و فرهنگ و اسلام وایران را داغدار كرد و بار دیگر چهره كریه تروریسم را نشان داد.
دست پلیدی كه به این جنایت اقدام كرد،بدون تردید دشمن ایران و ملت و خواستار ایجاد و بسط بحرانی است كه برای همه زیان بار است. می‌دانم كه در این مصیبت بزرگ جانتان آزرده است، ولی توكلتان به حضرت حق، تسلی بخش دل‌داغدار شما و فرزندان عزیز آن سفر كرده گرامی است.
از درگاه حضرت حق برای آن فقید سعید علو درجات و برای بازماندگان معزز صبر و اجر و سلامتی و برای اسلام و ایران سربلندی و امنیت و پیشرفت مسالت دارم.
راه شهید پر رهرو باد
سید محمد خاتمی